Re: VSSによるソース管理で、サーバーを途中で変更したい

ご指摘のないようにあるように、正しいものは
VSSの作業ディレクトリを指すように、%で囲まれた
文字列を含みます。この内容がない場合には
相対パスになってしまいますので、VSSの作業ディレクトリの
ファイルを指すことはできません。

この情報を修正することで、この問題は解決できるのでは
ないかと思います。

(UIからはこの情報を適切に修正できるかどうかは
ちょっとわかりません。バージョン管理のリポジトリを
作業中に移動することは想定外(動作保証外)なので
直接EAPファイルを編集するほうが早いのではないかと思います。)