コピー後のEAPファイルに対するプロジェクトルートの解除操作を実行しても、コピー前のEAPファイルに何らかの影響があったということでしょうか?また、「プロジェクトルートのxmlが削除されており」というのはバージョン管理ツールのデータが削除されたということでしょうか?