Re: VSSによるソース管理で、サーバーを途中で変更したい

申し訳ございません。プロジェクトルートがバージョン管理されている
パターンを想定しておりませんでした。

チェックイン後、プロジェクトルートのバージョン管理の
設定を一度外して通常のプロジェクトルートに戻せば
削除できるかと思います。
(プロジェクトルートを削除するためには、別にプロジェクトルートが
存在することが必要です。1つしかない場合にはダミーの
プロジェクトルートを作成後、対象のルートを削除してください。)

ぜひお試しください。