Re: 質問要望４）論理パッケージとJava物理パッケージ名とのＭａｐｐｉｎｇ機能

こちらに関してはいくつか方法がありそうですが
ひとつの方法としましては、まずjp＞company＞AActionという構成で
パッケージの親子関係を作成し、その中にクラス要素をすべて保存します。

それとは別に、論理ビュー＞設計モデル＞Web層というパッケージの
親子関係を作成し、こちらにはダイアグラム(クラス図)を入れます。

このようにしたうえで、基本的には後者のツリーで作業をし、
クラスの追加などは前者のツリーに対して行います。クラスの編集などは
クラス図で行った変更がもちろん前者のツリー内のクラス要素に反映されます。
クラス図の編集中にプロジェクトブラウザ内のクラスの位置を確認したい場合も
あると思いますが、「プロジェクトブラウザ内の位置を表示」機能を利用すれば
比較的効率的に参照できると思います。

また、ダイアグラムのプロパティから「外部オブジェクトを明示する」の
チェックを外しておくと見た目にもすっきりすると思います。

ぜひ、お試しください。