Re: 質問要望1)リバース時のソース読込みルートディレクトリの設定変更

こういったご要望を実現するための機能として、「ローカルパス」の設定があります。
(これもちょっとわかりにくい名前ですね...代替案を検討します。)

この機能を利用すると、%JAVA_SOURCE%\hoge.javaのような形で位置を指定し、
%JAVA_SOURCE%を個別のマシンでそれぞれ設定することができます。

詳細は、ヘルプファイルの
「コードエンジニアリング」→「コード生成の設定」→「ローカルパス」をご覧ください。