サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

OWL/RDFファイルの入出力を実行すると、
「Error processing XML document:(null)」というエラーが表示され
実行できません。
読み込み・出力ともに同じです。

○回答

このたびはご迷惑をおかけし申し訳ございません。
ご指摘通りの内容を、こちらの環境でも再現できました。
Enterprise Architectのバグと思われますので
開発元に連絡し、修正を依頼します。

確認したところ、バージョン15.2では問題なく動作するようですので
バージョン16.0において、ファイルの処理に問題があるようです。
申し訳ございませんが、バージョン15.2を利用して回避をお願いします。

この問題は、バージョン16.1 ビルド1621で修正されました。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。