サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

QEAファイルで複製機能が有効な場合に、ダイアグラム内の要素に対して
新規要素として貼り付けを実行すると、
SQL API Update FAILED with error: UNIQUE Constraint failed: t_object.ReplicationIDの
エラーが発生します。

○回答

ご指摘通りの問題を確認しました。
こちらはEnterprise Architectの考慮漏れのバグと思いますので
開発元に修正を依頼します。

修正まで、引き続きご迷惑をおかけし申し訳ございません。

この問題は、バージョン16.1 ビルド1621で修正されました。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。